En el mercado eléctrico se realiza la compra - venta de energía y sus servicios asociados. Este se divide en dos:

1. El mercado minorista que se encuentra conformado por aquellos generadores conectados a un voltaje menor de 115 kV, estos mayormente transan la energía en  forma de contratos bilaterales, sin embargo a partir del año 2013 se espera que se den las primeras licitaciones especiales para suscribir contratos de largo plazo, en estas participarán aquellos que generen en base a recursos renovables no convencionales.

2. El mercado mayorista el cual está conformado por los entes que compran y venden energía y cuyas instalaciones están conectadas a la red de transmisión, generadores conectados a la red de distribución con una potencia mayor o igual a 5MW, así como las empresas comercializadoras de energía.

La administración del Mercado Mayorista y el Sistema de Transmisión se encuentra a cargo de la Unidad de Transacciones (UT) y la realiza utilizando el Reglamento de Operación del Sistema de Transmisión y del Mercado Mayorista Basado en Costos de Producción.

Es desde el mes de agosto 2011 que el mercado spot, mejor conocido como Mercado Regulador del Sistema (MRS), opera bajo un esquema de costos, siendo la unidad marginal la que fija el precio hora a hora. Previo a agosto 2011 el mercado eléctrico salvadoreño operaba bajo un esquema de ofertas

Pero no toda la energía es transada a precios marginales, pues existe la figura de contratos financieros los cuales son pactados mediante procesos de libre concurrencia, el beneficio de estos es que ayudan a estabilizar los precios de la energía independientemente de lo que ocurra en el mercado spot.

A enero 2013 se tiene un total de 655.4 MW contratados; la duración de estos es entre 2 y 3 años, y en la medida que estos expiren se van realizando nuevas licitaciones con el propósito de mantener un porcentaje base de contratación.

Finalmente se comenta que desde octubre 2012 se está trabajando en una licitación por 350 MW de nueva inversión, cuyo contrato tendrá una duración de 20 años y se espera se adjudique durante el año 2013.